Rumah Sakit Umum Daerah Wates menurut sejarahnya adalah kelanjutan dari peninggalan pemerintahan penjajahan Belanda, terletak di sebelah alun alun Wates. Setelah kemerdekaan keberadaannya tetap dilestarikan, hingga pada tahun 1963 ditetapkan dengan Peraturan Daerah Tk II Kulon Progo Nomor 6 Tahun 1963. Saat itu kedudukan rumah sakit masih menjadi satu dengan Dinas Kesehatan Rakyat (DKR)

Sesuai dengan tuntutan masyarakat, Rumah Sakit Umum Daerah Wates berupaya mengembangkan diri dengan cara pindah ke lokasi yang baru di Dusun Beji Kecamatan Wates, tepatnya di Jalan Tentara Pelajar Km 1 No. 5 Wates Kulon Progo. Pembangunan dan kepindahannya diresmikan oleh Menteri Kesehatan RI yang menjabat saat itu, dr Suwardjono Suryaningrat pada tanggal 26 Februari 1983 dengan status kelas D. Maka secara resmi tanggal tersebut dijadikan Hari Bakti Pelayanan Kesehatan Rumah Sakit Umum Daerah wates kabupaten Kulon Progo.

Dasar hukum keberadaan rumah sakit sebelum terbentuk masih menjadi bagian dari Dinas Kesehatan, dengan ketetapan Perda Kabupaten Dati II Kulon Progo No 5 tahun 1982 dan mencabut Perda Kabupaten Dati II Kulon Progo No. 6 Tahun 1963. Sesuai Perda Kabupaten Dati II Kulon Progo No. 18 tahun 1994, kedudukan RSUD Wates tetap sebagai Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD). Pengelolaannya mulai diatur secara mandiri setelah terbitnya Perda Kab Dati II Kulon Progo No 22 Tahun 1994 tentang pembentukan Rumah Sakit Umum Daerah Wates dan Perda Kab Dati II Kulon Progo No 23 Tahun 1994 tentang Organisasi dan Tata Kerja RSUD Wates. Sejak diterbitkannya dua Perda tersebut maka kedudukan RSUD Wates semakin mantap.

Rumah Sakit Umum Daerah Wates ditingkatkan kelasnya menjadi kelas C sengan diterbitkannya Surat Keputusan Menkes Nomor 491/SK/V/1994 tentang Peningkatan kelas Rumah Sakit Umum Daerah Wates milik Pemda Tk II Kulon Progo menjadi kelas C. Upaya untuk meningkatkan RSUD Wates dalam pengelolaannya agarr lebih mandiri terus diupayakan, salah satunya dengan mempersiapkan RSUD Wates menjadi Unit Swadana melalui tahap ujicoba selama 3 tahun. Setelah menjalani ujicoba maka ditetapkan menjadi RSUD Unit Swadana melalui SK Bupati No. 343/2001.

Sejak berdirinya RSUD Wates telah mengalami pergantian pimpinan. Berikut daftar urutan Direktur RSUD Wates:

1. dr. Samadikun Maryadi     Tahun 1966 – 1977
2. dr. M Harsono     Tahun 1978 – 1987
3. dr. Edhi Jatno, MMR     Tahun 1987 – 2001
4. dr. Moerlani M Dahlan, Sp.PD     Tahun 2001 – 2004
5. dr .Bambang Haryatno, M.Kes     Tahun 2004 - sekarang